Pohjois-Pohjanmaan liitto on 30 jäsenkunnan muodostama kuntayhtymä. Poliittisesti valitut luottamushenkilöt vastaavat päätöksenteosta. Kuntayhtymällä on maakuntavaltuusto, maakuntahallitus ja tarkastuslautakunta.
Ylintä päätösvaltaa käyttää jäsenkuntien valitsema maakuntavaltuusto. Käytännön työtä ohjaa maakuntahallitus, jonka valtuusto valitsee alueen poliittisten voimasuhteiden mukaisesti.
Kuntayhtymää johdetaan Pohjois-Pohjanmaan liiton strategian sekä talous- ja toimintasuunnitelman mukaisesti. Maakuntavaltuusto vastaa kuntayhtymän toiminnasta ja taloudesta sekä käyttää kuntayhtymän päätösvaltaa.
Maakuntahallitus vastaa valtuuston päätösten valmistelusta, täytäntöönpanosta ja laillisuuden valvonnasta. Maakuntahallitus johtaa kuntayhtymän toimintaa, hallintoa ja taloutta. Maakuntahallitus vastaa kuntayhtymän toiminnan yhteensovittamisesta, henkilöstöpolitiikasta sekä huolehtii kuntayhtymän sisäisestä valvonnasta ja riskienhallinnan järjestämisestä.
Maakunnassa on alueen kehittämiseen vaikuttavien toimenpiteiden ja rakennerahasto-ohjelman toimeenpanon yhteensovittamista varten maakunnan yhteistyöryhmä. Maakuntahallitus asettaa yhteistyöryhmän aluekehityslainsäädännössä säädettyjen tahojen edustajista. Sen tehtävät määritellään tarkemmin kulloinkin voimassa olevassa laissa alueiden kehittämisestä.
Maakuntavaltuusto voi perustaa muita pysyviä lautakuntia, neuvottelukuntia ja yhteistyöryhmiä.
Toimistoa johtaa maakuntajohtaja Jussi Rämet
Pohjois-Pohjanmaan liiton toimistossa työskentelee noin 50 asiantuntijaa, joista noin 80 prosenttia on vakinaisia viranhaltijoita ja työntekijöitä. Toimistoa johtaa maakuntajohtaja. Liiton toimisto jakautuu kolmeen vastuualueeseen: maakunnan kehittäminen ja rahoitus, maakunnan suunnittelu ja osaaminen sekä hallinto.
Maakuntajohtaja vastaa maakuntahallituksen toimialan toiminnasta sekä johtaa ja kehittää toimintaa maakuntahallituksen alaisuudessa, vastaa liiton yhteyksistä jäsenkuntiin ja yhteistyöstä eri sidosryhmien kanssa. Maakuntaliiton ylimpänä viranhaltijana maakuntajohtaja vastaa maakuntavaltuuston ja -hallituksen asettamisen tavoitteiden ja päätösten toteuttamisesta sekä maakunnallisesta edunvalvonnasta.
Kuntalain 42 § mukaan kuntayhtymän johtajan on tehtävä johtajasopimus, jossa sovitaan kuntayhtymän johtamisen edellytyksistä. Pohjois-Pohjamaan maakuntahallitus on kokouksessaan 5.6.2023 § 88 hyväksynyt maakuntajohtajan johtajasopimuksen.